Министерството на здравеопазването ще бъде структурирано в 14 дирекции и инспекторат. Това предвижда новият Устройствен правилник на ведомството, приет от правителството. Неговата цел е да оптимизира работата на министерството по отношение на основните му приоритети – преструктурирането на здравния сектор и подобряване на управлението в системата за здравеопазването; програмирането и управлението на проекти в здравеопазването; подобряване на дейностите по финансирането в системата; координацията по европейските въпроси; разработване и реализиране на програмата за електронно здравеопазване и ефективното управление на човешките ресурси.
Числеността на министерството е 320 щатни бройки.
Общата администрация обхваща 5 дирекции – „Бюджет и счетоводство“, „Канцелария и управление на човешките ресурси“, „Протокол и връзки с обществеността“, „Правна“, „Административни дейности и управление при кризи“.
С промените се създава единна финансова дирекция “Бюджет и счетоводство”, която ще извършва всички дейности, свързани с финансиране на МЗ и на неговите структури. По този начин ще се постигне по-добра координация и взаимодействие по въпросите на финансирането. Обособяването на самостоятелна дирекция “Канцелария и управление на човешките ресурси” цели подобряване на организацията и дейността ведомството, като се акцентира на значението на управлението на човешките ресурси за реализиране на държавната политика в областта на здравеопазването. На дирекция „Административни дейности и управление при кризи“ се възлагат и функциите по управление при кризи и отбранително-мобилизационна подготовка.
Специализираната администрация е структурирана в 9 дирекции -„Национална здравна политика“, „Медицински дейности“, „Обществено здраве“, „Управление на проекти и програми“, „Европейски въпроси и международно сътрудничество“, „Специализиран медицински надзор“, „Инвестиционна политика“, „Наркотични вещества“, „Електронно здравеопазване“.
Разширяват се функциите на дирекция „Национална здравна политика“ – възлагат й се дейности по разработване на проекти на стратегии в областта на здравната политика, анализиране на здравните потребности на населението, обобщаване на годишния доклад за състоянието на здравето на гражданите и изпълнението на Националната здравна стратегия. Тя ще организира и дейностите по провеждане на лекарствената политика.
Дирекция „Медицински дейности“ ще осъществява контрола по изпълнението на медицинските стандарти, ще ръководи и координира дейността на центровете за спешна медицинска помощ, центровете за трансфузионна хематология, лечебните заведения за стационарна психиатрична помощ и държавните домове за медико-социални грижи, в които се осъществяват медицинско наблюдение и специфични грижи за деца.
Дейността на МЗ по въпросите на Европейския съюз ще се осъществява от дирекция „Европейски въпроси и международно сътрудничество“. Тя ще организира и координира изпълнението на поетите ангажименти в преговорния процес в областта на здравната политика. Създава се самостоятелна дирекция „Управление на проекти и програми“. Това е обусловено от приоритетното значение на управлението на международни проекти и програми в областта на здравеопазването, финансирани от ЕС или други международни финансови институции и донори, както и от необходимостта да се осъществява цялостна координация и мониторинг по тяхното изпълнение.
Поради приоритетното значение на разработването на стратегия за електронно здравеопазване и план за действие се създава нова дирекция – „Електронно здравеопазване“. Тя ще организира, координира и контролира функционирането на комуникационно-информационната система за здравеопазване.
Променят се наименованията на съществуващите дирекции „Опазване и контрол на общественото здраве“, „Управление и преструктуриране на собствеността“ и „Национална служба по наркотични вещества“ и се прецизират техните функции. В правилника са уредени функциите на Инспектората, на който изрично се възлагат дейности по разкриване и предотвратяване на конфликти на интереси и на корупционни практики в МЗ и във второстепенните разпоредители с бюджетни кредити. С приетия правилник се предвиждат изменения и относно организацията на работата в МЗ, което ще подобри координацията между структурните звена в него.
В постановлението са посочени второстепенните разпоредители с бюджетни кредити към министъра на здравеопазването. Това са Изпълнителната агенция по лекарствата, Изпълнителната агенция по трансплантация, регионалните центрове по здравеопазване, регионалните инспекции за опазване и контрол на общественото здраве, здравните и лечебните заведения по чл. 5, ал.1 от Закона за лечебните заведения, Център „Фонд за лечение на деца“.